rsync コマンドで簡単にディレクトリのバックアップが取れます。
.bashrc に以下の alias を定義しました。home フォルダをバックアップします。
alias backup_mint='sudo rsync -au --delete /home/TA/ "/media/TA/Transcend/Linux Mint 18 backup/TA"'
TA のところには自分のユーザー名が入っています。
実行例。
$ time backup_mint
[sudo] TA のパスワード:
real 1m43.144s
user 0m3.268s
sys 0m25.652s